1996 മുതൽ 1998 കാലഘട്ടത്തിൽ [[ഇ.കെ. നായനാർ]] മന്ത്രിസഭയിൽ [[വിദ്യുച്ഛക്തി]] മന്ത്രിയായിരിക്കുമ്പോൾ, [[എസ്.എൻ.സി. ലാവലിൻ|ലാവലിൻ കമ്പനിയുമായി]] നടന്ന സർക്കാർ ഇടപാടിൽ അഴിമതി നടന്നിട്ടുണ്ടെന്ന് ആരോപണമുണ്ടായതിനെആരോപണമുണ്ടായി. ഇതിനെ തുടർന്ന് [[ഐക്യ ജനാധിപത്യ മുന്നണി|യു. ഡി. എഫ്]] ഭരണകാലത്ത് [[സംസ്ഥാന വിജിലൻസ്]] അന്വേഷണം നടത്തുകയും പിണറായി വിജയൻ തെറ്റു ചെയ്തിട്ടില്ലെന്നു കണ്ടെത്തുകയും ചെയ്തിരുന്നു <ref name="oneindia">{{cite web |url=http://news.oneindia.in/2006/03/01/kerala-govt-to-hand-over-snc-lavalin-case-to-cbi-chandy-1141211398.html |title=Kerala Govt to hand over SNC Lavalin case to CBI: Chandy |date= 1 March 2006 |quote=Vigilance Director Upendra Verma was also shunted out of the department a day after the investigating agency filed an FIR in the court without naming any politician in the list of accused. |publisher=One India |accessdate=19 June 2012}}</ref>. എന്നാൽ പിന്നീട് കേസ് അന്വേഷിച്ച [[സി.ബി.ഐ]] പിണറായി വിജയനെ ഒൻപതാം പ്രതിയായി ചേർക്കുകയും പ്രോസിക്യൂട്ട് ചെയ്യാൻ അനുമതി തേടുകയും ചെയ്തു. സി.പി.സിപിഐ(എം.) നേതൃത്വത്തിലുള്ള എൽ.ഡി.എഫ്ഇടതുപക്ഷജനാധിപത്യമുന്നണി [[കേരളാ മന്ത്രിസഭ|മന്ത്രിസഭ]] സഭ അതിന് അനുമതി നിഷേധിച്ചെങ്കിലും അന്നത്തെ [[കേരളാ ഗവർണ്ണർ]] [[ആർ.എസ്. ഗവായി]] അദ്ദേഹത്തെ പ്രോസിക്യൂട്ട് ചെയ്യാൻ അനുമതി നൽകി. [[മഹാരാഷ്ട്ര|മഹാരാഷ്ട്രയിൽ]] തന്റെ മകന്റെ തിരഞ്ഞെടുപ്പു വിജയത്തിന് [[കോൺഗ്രസ്]] സഹായം ഉറപ്പുവരുത്താൻ ആർ.എസ്. ഗവായ്‌ യു. ഡി. എഫ് നേതാക്കളുടെ ഇംഗിതത്തിനൊത്ത് ചെയ്തതാണിതെന്നു സി.പി.സിപിഐ(എം) ആരോപിച്ചിരുന്നു. [[കേരളാ ഗവർണ്ണർ|കേരളാ ഗവർണ്ണറുടെ]] ഈ തീരുമാനത്തെ പിണറായി വിജയൻ [[സുപ്രീം കോടതി (ഇന്ത്യ)|സുപ്രീംകോടതിയിൽ]] ചോദ്യംചെയ്തു. തുടർന്നുള്ള അന്വേഷണത്തിൽ പിണറായി വിജയൻ ലാവലിൻ ഇടപാടിൽ സാമ്പത്തികലാഭം ഉണ്ടാക്കിയതിനു തെളിവ് ലഭിച്ചിട്ടില്ലന്നും അധികാരദുർവിനിയോഗം, കുറ്റകരമായ ഗൂഢാലോചന, വഞ്ചന തുടങ്ങിയ കുറ്റങ്ങൾ ചുമത്താൻ മാത്രമേ അന്വേഷണത്തിൽ തെളിവു ലഭിച്ചിട്ടുള്ളൂവെന്നും [[സി.ബി.ഐ]] കോടതിയിൽ [[സത്യവാങ്മൂലം]] നൽകുകയുണ്ടായി<ref>[http://www.madhyamam.in/story/ലാവലിൻ-പിണറായി-ഉൾപ്പെട്ട-പണമിടപാടിന്-തെളിവില്ല-സിബിഐ പിണറായി വിജയൻ ഉൾപ്പെട്ട പണമിടപാടിന് തെളിവില്ല സിബിഐ മാധ്യമം ദിനപത്രം, 18 ഏപ്രിൽ 2010; ശേഖരിച്ചത് 29 ഏപ്രിൽ 2010]</ref><ref>[http://www.mathrubhumi.com/online/malayalam/news/story/265806/2010-04-18/kerala പിണറായിക്ക് എതിരെ തെളിവില്ലെന്ന് സി.ബി.ഐ മാതൃഭൂമി ദിനപത്രം, 18 ഏപ്രിൽ 2010; ശേഖരിച്ചത് 29 ഏപ്രിൽ 2010]</ref>.
തുടർന്ന് കേസിന്റെ വിചാരണ നടന്നിരുന്ന തിരുവനന്തപുരം സി.ബി.ഐ. കോടതിയിൽ പിണറായി വിജയൻ ഉൾപ്പെടെ ഏഴുപേർ വിടുതൽ ഹർജി സമർപ്പിച്ചു. അത് പരിഗണിച്ച കോടതി പിണറായി വിജയനെ കേസിൽ പ്രതിചേർത്ത് വിചാരണ തുടരാനുള്ള വസ്തുതകൾ സി.ബി.ഐ. സമർപ്പിച്ച കുറ്റപത്രത്തിൽ അടങ്ങിയിട്ടില്ലെന്ന് കണ്ടെത്തുകയും അഴിമതി, അധികാരദുർവ്വിനിയോഗംഅധികാരദുർവിനിയോഗം, കുറ്റകരമായ ഗൂഡാലോചന തുടങ്ങിയ ആരോപണങ്ങൾ അടങ്ങിയ കുറ്റപത്രം തന്നെ നിലനിൽക്കില്ലെന്നും പ്രസ്താവിച്ചു. <ref>[http://www.manoramanews.com/cgi-bin/MMOnline.dll/portal/ep/mmtvContentView.do?BV_ID=@@@&tabId=14&programId=9958837&contentId=15387617 ലാവലിൻ കേസിൽ പിണറായി ഉൾപ്പെടെയുള്ളവരുടെ ഹർജി അനുവദിച്ചു] </ref> നിലവിൽ ഈ സിബിഐ നൽകിയ അപ്പീലിൽ സുപ്രീം കോടതി പിണറായി വിജയന് നോട്ടീസ് അയച്ചിരിക്കുകയാണ്.
