അമൃതാനന്ദമയി ആശ്രമത്തിന്റെ സമ്പാദ്യത്തെക്കുറിച്ചും മറ്റു ക്രമക്കേടുകളെ കുറിച്ചും അന്വേഷിക്കണമെന്ന് ചില വ്യക്തികളും സംഘടനകളും ആവശ്യപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട് <ref>http://thatsmalayalam.oneindia.in/news/2008/06/15/kerala-azhikode-probe-amrita-mutt-wealth.html വൺഇന്ത്യ ഓൺലൈൻ പത്രം</ref><ref>
http://www.deepika.com/Archives/cat2_sub.asp?hcode=43319&ccode=Cat2&newsdate=06/03/2008 ദീപിക ദിനപത്രം ശേഖരിച്ച തീയതി 06/03/2008</ref><ref>http://malayalam.webdunia.com/newsworld/news/keralanews/0805/22/1080522060_1.htm വെബ്ദുനിയ ഓൺലൈൻ ദിനപത്രം</ref> 2012-ൽ കൊല്ലത്തെ അമൃതാനന്ദമയി ആശ്രമത്തിൽ നടന്നബഹളം ഒരുവച്ച് സംഭവവുമായിഭീകരാന്തരീക്ഷം ബന്ധപ്പെട്ട്സൃഷ്ടിച്ചതിന്റെ പേരിൽ പിടിയിലായ ബിഹാർ സ്വദേശി സത്നാം സിങ്ങ് എന്ന യുവാവിന്റെയുവാവിനെ പോലീസ് അറസ്റ്റ് ചെയ്യുകയും പിന്നീട് മാനസികാസ്വാസ്ഥ്യം കാണിച്ചതിനാൽ പേരൂർക്കട മാനസികാരോഗ്യ കേന്ദ്രത്തിൽ പ്രവേശിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു. അവിടെ വച്ച് സത്നാം മരണപ്പെട്ടു, മരണത്തിന്റെ ദുരൂഹത ഒട്ടേറെ ചോദ്യങ്ങൾക്കും ആരോപണങ്ങൾക്കും അവസരമൊരുക്കി. ആശ്രമത്തിൽ ഭീകരാന്തരീക്ഷം സൃഷ്ടിച്ചതിലും, മരണത്തിലും ഏതെങ്കിലും തരത്തിലുള്ള തീവ്രവാദി ബന്ധം ഉണ്ടോ എന്ന് [[നാഷണൽ ഇൻവെസ്റ്റിഗേഷൻ ഏജൻസി]] അന്വേഷിക്കണം എന്നു [[ഭാരതീയ ജനതാ പാർട്ടി|ബി ജെ പി]] യും ഹിന്ദു സംഘടനകളും ആവശ്യപ്പെട്ടിരുന്നു. <ref>[http://indiatoday.intoday.in/story/kerala-crime-branch-to-probe-youth-death-mata-amritanandamayi/1/212170.html 'Bihar youth who disrupted Mata Amritanandamayi's prayer died of torture'] ഇന്ത്യാ ടുഡേ.ഇൻ വാർത്ത</ref><ref>[http://www.indianexpress.com/news/mata-amritanandamayilinked-youth-tortured-to-death-report/988236 Mata Amritanandamayi-linked youth tortured to death: report], 2012 ആഗസ്റ്റ് 14-ൽ ഇന്ത്യൻ എക്സ്പ്രസ് ദിനപ്പത്രം പ്രസിദ്ധീകരിച്ച റിപ്പോർട്ട്ം</ref>
