മുറജപം നടക്കുന്ന അവസരത്തിൽ തിരുവനന്തപുരത്തേയ്ക്ക് യാത്ര ചെയ്യുമ്പോൾ വിശ്രമാർത്ഥം ഇവിടെയെത്തിയ വില്വമംഗലത്ത് സ്വാമി പ്രതിഷ്ഠിച്ച ദേവി ചൈതന്യം ആണ് ഇവിടുത്തെ പ്രതിഷ്ഠ. അരൂരിന്റെ ദേശപരദേവതയാണ് ശ്രീ കാർത്യായനി ദേവി. ക്ഷേത്രഭരണം രാജഭരണകാലത്ത് മഹാരാജാവിന്റെ പ്രതിനിധികൾ നടത്തിവന്നു. തുടർന്ന് തിരുവിതാംതിരുവിതാംകൂർ ദേവസ്വം ബോർഡ്‌ നിലവിൽ ഭരണം നടത്തുന്നു. ഇവിടുത്തെ ദേവിക്ക് ഏറ്റവും പ്രിയ വഴിപാട് ആണ് ഇടത്തുവലത്തു കൂട്ടുപയസവും നെയ്‌ പായസവും. കണ്ണ്‌കുളങ്ങര കൈമൾ അരൂരിൽ ഇപ്പോൾ ക്ഷേത്രം സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന ഭാഗത്ത് കാണുന്ന കാഞ്ഞിരത്തിൽ ഇരിക്കുന്ന ദേവിയെ കാണാൻ ഇടയായി, അദ്ദേഹത്തോട് കുടിക്കാൻ എന്തെങ്കിലും ആവശ്യപ്പെട്ടു. തന്നോട് ഈ അവശ്യം ഉന്നയിച്ചത് ശ്രീ കാർത്യായനി ദേവി തന്നെ എന്ന് മനസിലാക്കിയ അദ്ദേഹം താൻ തിരിച്ച് വരും വരെ ഇവിടെത്തന്നെ ഇരുന്നുകൊള്ളാമെന്ന് ദേവിയെകൊണ്ട് സത്യം ചെയ്യിച്ചശേഷം അദ്ദേഹം പോയി ആത്മഹത്യ ചെയ്യുകയുണ്ടായി അദ്ദേഹത്തോടുള്ള സത്യം പാലിക്കാൻ ദേവിചൈതന്യം ഇവിടെത്തന്നെ നിലനിന്നു. അങ്ങനെയാണ് ഇവിടെ ഈ ക്ഷേത്രം ഉടലെടുക്കാൻ കാരണം എന്ന് ഒരു ഐതിഹ്യം ഉണ്ട്. അദ്ദേഹത്തിന്റെ അറിവ് കൊണ്ട് ഇവിടെ നമുക്ക് ദേവി പ്രതിഷ്ഠ ഉണ്ടായി മാത്രമല്ല അദ്ദേഹം ആണ് പിൽകാലത്ത് അറുകുല ആയി ഇവിടെ പ്രതിഷ്ഠിച്ചിട്ടുള്ളത്
