വിക്കിപീഡിയ

ദീപക് ടി. നായർ

ഇന്ത്യക്കാരനായ ഒരു സ്ട്രക്ചറൽ ബയോളജിസ്റ്റും റീജിയണൽ സെന്റർ ഫോർ ബയോടെക്നോളജിയിലെ ശാസ്ത്രജ്ഞനുമാണ് ദീപക് തങ്കപ്പൻ നായർ (ജനനം: 25 ഒക്ടോബർ 1973). ഡി‌എൻ‌എ, ആർ‌എൻ‌എ പോളിമറേസ് എന്നിവയെക്കുറിച്ചുള്ള പഠനത്തിന് അദ്ദേഹം പ്രശസ്തനാണ്. സയൻസ് ആന്റ് എഞ്ചിനീയറിംഗ് റിസർച്ച് ബോർഡിന്റെ (2008–2013) രാമാനുജൻ ഫെലോയും കരിയർ ഡവലപ്മെന്റിനായുള്ള ദേശീയ ബയോ സയൻസ് അവാർഡും (ബയോടെക്നോളജി വകുപ്പ്) നേടി. സയന്റിഫിക് ആൻഡ് ഇൻഡസ്ട്രിയൽ റിസർച്ച് കൗൺസിൽ, ഇന്ത്യയിലെ പരമോന്നത ശാസ്ത്ര അവാർഡുകളിൽ ഒന്നായ സയൻസ് ആൻഡ് ടെക്നോളജി ശാന്തി സ്വരൂപ് ഭട്നാഗർ പുരസ്കാരം 2017 ൽ ജീവശാസ്ത്രത്തിലെ സംഭാവനകൾക്കായി അദ്ദേഹത്തിനു ലഭിച്ചു.[1]

Deepak T. Nair
ദീപക് ടി. നായർ
പ്രൊഫ. ദീപക് നായർ
ജനനം (1973-10-25) 25 ഒക്ടോബർ 1973  (51 വയസ്സ്)
പൂനെ, ഇന്ത്യ
ദേശീയതഇന്ത്യക്കാരൻ
കലാലയം
അറിയപ്പെടുന്നത്ഡീഎൻഎ പോളിമെറേസുകളെപ്പറ്റിയും ആർഎൻഎ പോളിമെറേസുകളെപ്പറ്റിയും ഉള്ള പഠനം
പുരസ്കാരങ്ങൾ
ശാസ്ത്രീയ ജീവിതം
പ്രവർത്തനതലം
സ്ഥാപനങ്ങൾ

ജീവചരിത്രം

തിരുത്തുക
 
പൂനെ സർവകലാശാല

ദീപക്കിന്റെ മാതാപിതാക്കൾ കേരളത്തിൽ നിന്നുള്ളവരാണ്. 1973 ഒക്ടോബർ 25 ന് പടിഞ്ഞാറൻ സംസ്ഥാനമായ മഹാരാഷ്ട്രയിലെ പൂനെയിൽ ജനിച്ചു. [2] ദീപക് നായർ ജയ് ഹിന്ദ് ഹൈസ്കൂളിലും (പിംപ്രി) സ്കൂളിലും പിന്നീട് സെന്റ്. വിൻസെന്റ്സ് ജൂനിയർ കോളേജ് (പൂനെ). ഫെർഗൂസൺ കോളേജിൽ നിന്ന് കെമിസ്ട്രിയിൽ ബിഎസ്‌സി ബിരുദം നേടിയ അദ്ദേഹം (1994) സാവിത്രിബായ് ഫൂലെ പൂനെ സർവകലാശാലയിൽ (1996) ബയോടെക്നോളജിയിൽ ബിരുദാനന്തര ബിരുദം നേടി. [3] തുടർന്ന്, 2001 ൽ ഘടനാപരമായ രോഗപ്രതിരോധശാസ്ത്രത്തിൽ പിഎച്ച്ഡി നേടുന്നതിനായി ഇന്ത്യയിലെ നാഷണൽ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഓഫ് ഇമ്മ്യൂണോളജിയിൽ ഡോക്ടറൽ പഠനത്തിനായി ചേർന്നു. പിഎച്ച്ഡിക്ക് വേണ്ടി ദിനകർ മഷ്നു സലുങ്കെയുടെ മേൽനോട്ടത്തിൽ പ്രവർത്തിച്ചു. പിന്നീട്, യുഎസിലേക്ക് പോയി മൗണ്ട് സിനായി മെഡിക്കൽ സെന്ററിലെ അനീൽ കെ. അഗർവാളിന്റെ ലബോറട്ടറിയിൽ പോസ്റ്റ്-ഡോക്ടറൽ ജോലി പൂർത്തിയാക്കി. നാഷണൽ സെന്റർ ഫോർ ബയോളജിക്കൽ സയൻസസിൽ ഒരു സ്വതന്ത്ര അന്വേഷക സ്ഥാനം ഏറ്റെടുക്കുന്നതിനായി 2007 ൽ അദ്ദേഹം ഇന്ത്യയിലേക്ക് മടങ്ങി. [4] എൻ‌സി‌ബി‌എസിൽ റീഡർ-എഫ് (2007–2013), അസോസിയേറ്റ് പ്രൊഫസർ (2013–2014) എന്നീ നിലകളിൽ പ്രവർത്തിച്ചു. 2014 ജൂലൈയിൽ റീജിയണൽ സെന്റർ ഫോർ ബയോടെക്നോളജിയിൽ അസോസിയേറ്റ് പ്രൊഫസറായി ജോലിയിൽ പ്രവേശിച്ച അദ്ദേഹം 2019 ജൂലൈയിൽ പ്രൊഫസർ സ്ഥാനത്തേക്ക് സ്ഥാനക്കയറ്റം നേടി.

ഗവേഷണം

തിരുത്തുക

ബാക്ടീരിയകളിലെയും ഫ്ലേവൈറസുകളിലെയും തനിപ്പകർപ്പ് പ്രക്രിയയുടെ വിശ്വസ്തത നിർണ്ണയിക്കുന്ന തന്മാത്രാ സംവിധാനങ്ങളെക്കുറിച്ച് ദീപക് നായർ പുതിയ ഉൾക്കാഴ്ച നേടി. റിബോൺ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സംയോജനം തടയുന്നതിന് ഡിഎൻഎ പോളിമറേസ് ഉപയോഗിച്ച തന്ത്രത്തെക്കുറിച്ച് അദ്ദേഹത്തിന്റെ ലബോറട്ടറി പുതിയ വെളിച്ചം വീശുന്നു (NAR, 2019, പ്രസ്സിൽ). ഡി‌എൻ‌എ പോളിമർ‌റേസസ് ഉത്തേജിപ്പിച്ച ഡി‌എൻ‌എ സിന്തസിസ് പ്രതികരണത്തിലെ അന്തർലീനവും നിർണായകവുമായ ഘട്ടമാണ് പൈറോഫോസ്ഫേറ്റ് ജലവിശ്ലേഷണമെന്ന് 2018 ൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെ ലബോറട്ടറി തെളിയിച്ചു, ഈ കണ്ടെത്തലിന് ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് കെമിസ്ട്രി (NAR, 2018, 46: 5875) ജേണൽ വഴിത്തിരിവായി. പിഗ്ഗിബാക്ക് ട്രാൻസ്‌പോസേസിനെക്കുറിച്ച്, സി-ടെർമിനസിൽ നിലവിലുള്ള റിംഗ് ഫിംഗർ ഡൊമെയ്‌നിലൂടെയുള്ള ഡൈമൈസേഷൻ ഈ എൻസൈമിന്റെ എക്‌സൈഷൻ പ്രവർത്തനത്തെ ആകർഷിക്കുന്നുവെന്ന് അദ്ദേഹത്തിന്റെ ലബോറട്ടറി തെളിയിച്ചിട്ടുണ്ട് (ബയോകെമിസ്ട്രി, 2018, 57: 2913). അഭൂതപൂർവമായ കാര്യക്ഷമതയോടും കൃത്യതയോടും കൂടി കേടുവന്ന ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളിൽ സ്തംഭിച്ച തനിപ്പകർപ്പ് രക്ഷപ്പെടുത്തുന്നതിന് ഡിഎൻ‌എ പോളിമറേസ് IV ഉപയോഗിച്ച സംവിധാനം അദ്ദേഹം കണ്ടെത്തി (ഘടന, 2014, 23: 56-67). അഡാപ്റ്റീവ് മ്യൂട്ടജെനിസിസിൽ പങ്കെടുക്കുന്ന പ്രത്യേക ഡിഎൻ‌എ പോളിമറേസുകൾ എങ്ങനെ പ്രവർത്തനം ഉറപ്പാക്കുന്നു എന്നതിനെക്കുറിച്ച് നായർ ഉൾക്കാഴ്ച നൽകിയിട്ടുണ്ട് (ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് റിസർച്ച്, 2013, 41: 5104–5014; ആക്റ്റ ക്രിസ്റ്റലോഗർ ഡി ബയോൾ ക്രിസ്റ്റലോഗർ. 2012 68: 960-7, ജെ ന്യൂക്ലിക് ആസിഡുകൾ 2012: 285481 ). വൈറൽ ആർ‌എൻ‌എ-ആശ്രിത-ആർ‌എൻ‌എ പോളിമറേസുമായി ജി‌ടി‌പി ബന്ധിപ്പിക്കുന്നത് വൈറൽ ജീനോമിന്റെ തനിപ്പകർ‌പ്പ് കൃത്യമായി ആരംഭിക്കുന്നത് എങ്ങനെ ഉറപ്പാക്കുന്നുവെന്ന് അദ്ദേഹത്തിന്റെ ലബോറട്ടറി തെളിയിച്ചിട്ടുണ്ട് (ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് റിസർച്ച്, 2014, 42: 2758-2573). കൂടാതെ, ബാക്ടീരിയ നശിപ്പിക്കുന്ന ആൻറിബയോട്ടിക്കുകളുടെ ആന്റിമൈക്രോബയൽ പ്രവർത്തനത്തിൽ റിയാക്ടീവ് ഓക്സിജൻ സ്പീഷീസ് ഒരു പ്രധാന പങ്ക് വഹിക്കുന്നുണ്ടെന്ന് അദ്ദേഹം തെളിയിച്ചിട്ടുണ്ട് (ഏഞ്ചെവ് കെം ഇന്റ് എഡ് എംഗ്. 2016 55: 2397-400). ഡി‌എൻ‌ റാവു (ബയോകെമിസ്ട്രി വകുപ്പ്, ഐ‌ഐ‌എസ്‌സി) യുമായി സഹകരിച്ച്, ഡി‌എൻ‌എ പൊരുത്തക്കേടുകളുടെ പോസ്റ്റ്-റെപ്ലിക്കേറ്റീവ് റിപ്പയറിംഗിൽ പ്രോട്ടീനുകൾ എങ്ങനെ പ്രവർത്തിക്കുന്നുവെന്ന് മനസിലാക്കുന്നതിനും അദ്ദേഹത്തിന്റെ ലബോറട്ടറി സംഭാവന നൽകിയിട്ടുണ്ട് (ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് റിസർച്ച്, 2018, 46: 256–266; പ്ലോസ് വൺ. 2010., 5: e13726)

പോസ്റ്റ്-ഡോക്ടറൽ ഫെലോ എന്ന നിലയിൽ (ഡിസംബർ 2001 മുതൽ ജൂലൈ 2007 വരെ) എക്സ്-റേ ക്രിസ്റ്റലോഗ്രാഫി ഉപയോഗിച്ച് യൂക്കറിയോട്ടിക് വൈ-ഫാമിലി ഡിഎൻഎ പോളിമറേസുകൾ ഡിഎൻഎ ലെസിയോൺ ബൈപാസിന്റെ ഘടനാപരമായ അടിസ്ഥാനം മനസ്സിലാക്കുന്നതിൽ ശ്രദ്ധ കേന്ദ്രീകരിച്ചു. പലതരം ഏജന്റുമാരുടെ പ്രവർത്തനം കാരണം, ഡിഎൻ‌എയിൽ ലീസിയണസ് രൂപം കൊള്ളുന്നു, ഇത് സാധാരണ തനിപ്പകർപ്പിനെ തടസ്സപ്പെടുത്തുന്നു, മാത്രമല്ല ഇത് ചിലപ്പോൾ അർബുദകാരകമാവാനും സാധ്യതയുണ്ട്. ഈ ലീസിയനുകളിലുടനീളം ഡി‌എൻ‌എ സമന്വയിപ്പിക്കാൻ പ്രാപ്തിയുള്ള നാല് പ്രത്യേക ഡി‌എൻ‌എ പോളിമർ‌റേസുകൾ‌ വരെ യൂക്കറിയോട്ടുകൾ‌ ഉണ്ട്, അതിനാൽ‌ റെപ്ലിക്കേഷൻ‌ ഫോർ‌ക്ക് സ്തംഭിക്കുന്നത് തടയുന്നു. അത്തരം രണ്ട് പോളിമറേസുകളുടെ കാറ്റലിറ്റിക് കോറുകളുടെ ക്രിസ്റ്റൽ ഘടന നായർ നിർണ്ണയിച്ചു, ഹ്യൂമൻ ഡി‌എൻ‌എ പോളിമറേസ് അയോട്ട (എച്ച്പോള), യീസ്റ്റ് REV1 (yREV1) - ഡി‌എൻ‌എയും ഇൻ‌കമിംഗ് ന്യൂക്ലിയോടൈഡും ഉള്ള സങ്കീർണ്ണത. കേടുപാടുകൾ സംഭവിക്കാത്തതും കേടുവന്നതുമായ ഡി‌എൻ‌എയുമായി സങ്കീർണ്ണമായ എച്ച്പോളയുടെയും yRev1 ന്റെയും ഘടനകൾ ലീസിയൺ ബൈപാസ് സുഗമമാക്കുന്നതിന് സജീവ സൈറ്റിലെ അടിസ്ഥാന ജോടിയാക്കൽ രീതികൾ ഈ രണ്ട് പോളിമറേസുകൾ ഇഷ്ടപ്പെടുന്നുവെന്ന് കാണിക്കുന്നു (പ്രകൃതി, 2004, 430: 377; ശാസ്ത്രം, 2005, 309: 2219 ; ഘടന, 2005, 13: 1569; ഘടന, 2006, 14: 749; നാറ്റ്. ഘടന. മോഡൽ. ബയോൾ., 2006, 13: 619; ഘടന, 2008, 16: 239; ഘടന, 2009, 17: 530). ലീസിയൺ ബൈപാസ് നേടുന്നതിനും റെസ്ക്യൂ സ്തംഭിച്ച തനിപ്പകർപ്പ് നേടുന്നതിനും വാട്സൺ-ക്രിക്ക് ഇതര ബേസ് ജോഡികൾ രൂപീകരിക്കുന്നതിന് സഹായിക്കുന്ന സവിശേഷമായ സജീവ സൈറ്റുകളാണ് എച്ച്പോളിനും yREV1 നും ഉള്ളത്. മൂന്നാമത്തെ വൈ-ഫാമിലി പോളിമറേസ് ഹ്യൂമൻ ഡിഎൻ‌എ Polymerase kappaയുടെ പ്രവർത്തന നില നിർണ്ണയിക്കുന്നതിലും അദ്ദേഹം ഒരു പങ്കുവഹിച്ചു. സെൽ, 2007, 25: 601). കൂടാതെ, വിവർത്തന റെഗുലേറ്റർ പുമിലിയോയും നോൺ-കോഗ്നേറ്റ് ആർ‌എൻ‌എ ടാർ‌ഗെറ്റുകളും (ഘടന, 2008, 16: 549) തമ്മിലുള്ള ഇടപെടലുകളുടെ സ്വഭാവം മനസിലാക്കുന്നതിനും ടെം‌പ്ലേറ്റിംഗിന്റെ അടിസ്ഥാനമാകുമ്പോൾ ഡിജി‌ടി‌പി ഉൾപ്പെടുത്തുന്നതിനുള്ള ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് തൈമിൻ ആവുമ്പോൾ എച്ച്പോളിന്റെ മുൻ‌ഗണന മനസ്സിലാക്കുന്നതിനും ലക്ഷ്യമിട്ടുള്ള പദ്ധതികളിലും അദ്ദേഹം പങ്കെടുത്തു. (ഘടന, 2009, 17: 974).

അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഡോക്ടറൽ തീസിസ് (ജൂലൈ 1996 - ഡിസംബർ 2001), പെരിറ്റൈഡ് ആന്റിജൻ പിഎസ് 1 (HQLDPAFGANSTNPD) യ്ക്കെതിരെ ഉയർത്തിയ മൂന്ന് മ്യൂറിൻ മോണോക്ലോണൽ ആന്റിബോഡികളുടെ ഒരു ക്രിസ്റ്റലോഗ്രാഫിക് വിശകലനം വിവരിക്കുന്നു. (ജെ ഇമ്മ്യൂണൽ, 2000, 165: 6949; ജെ. ഇമ്മ്യൂണൽ, 2002, 168: 2371). ആന്റിബോഡികളുടെ ഘടനയെ അവയുടെ അതിരുകളില്ലാത്തതും പരിധിയില്ലാത്തതുമായ അവസ്ഥയുടെ താരതമ്യം സൂചിപ്പിക്കുന്നത്, വഴക്കമുള്ള ഇമ്യൂണോഡൊമിനന്റ് എപ്പിറ്റോപ്പിനെതിരായ ആന്റിബോഡി പ്രതികരണത്തിൽ എപ്പിറ്റോപ്പ്, പാരടോപ്പ് കോൺഫിഗറേഷനുകൾ എന്നിവയുടെ സംയോജനമുണ്ടാകാമെന്നാണ് (ജെ. ഇമ്മ്യൂണൽ, 2002, 168: 2371). ബി-സെൽ, ടി-സെൽ എപ്പിറ്റോപ്പുകളുടെ നേറ്റീവ്, റെട്രോ-ഇൻ‌വെർസോ പതിപ്പുകളുടെ അനുരൂപമായ പ്രവണതകളെക്കുറിച്ചുള്ള ഒരു കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ വിശകലനവും അദ്ദേഹം നടത്തി (ജെ. ഇമ്മ്യൂണൽ, 2003, 170: 1362). ഈ പഠനം കാണിക്കുന്നത് റെട്രോ-വിപരീതത്തിലൂടെ അനുരൂപവും പ്രവർത്തനപരവുമായ അനുകരണങ്ങൾ കൈവരിക്കാൻ കഴിയുന്നത് നേറ്റീവ് പെപ്റ്റൈഡ് അതിന്റെ പ്രവർത്തനപരമായ അവസ്ഥയിൽ ഒരു രേഖീയ വിപുലീകൃത അനുരൂപത്തിൽ ഉണ്ടെങ്കിൽ മാത്രമേ കഴിയുകയുള്ളൂ എന്നാണ്. Tasar silkworm (Antheraea mylitta) (ജെ. ബയോൾ) നിന്നുള്ള ആൻറി ബാക്ടീരിയൽ പ്രോട്ടീന്റെ ഘടന നിർണ്ണയിക്കുന്നതിലും അദ്ദേഹം പങ്കാളിയായിരുന്നു. ചെം., 2001, 276: 41377). കൂടാതെ, റിബൺ ന്യൂക്ലീസ് നിയന്ത്രണത്തിന്റെ സങ്കീർണ്ണതയും അതിന്റെ ആർ‌ആർ‌എൻ‌എ സബ്‌സ്‌ട്രേറ്റും അദ്ദേഹം മാതൃകയാക്കി (ബയോകെമിസ്ട്രി, 2001, 40: 9115).

അവാർഡുകളും ബഹുമതികളും

തിരുത്തുക

2008–2013 കാലയളവിൽ ബയോടെക്നോളജി വകുപ്പ് രാമാനുജൻ ഫെലോഷിപ്പിന് ദീപക് ടി. നായരെ തിരഞ്ഞെടുത്തു. [4] 2013 ൽ ഗുഹ ഗവേഷണ സമ്മേളനത്തിൽ അംഗമായി. 2014 ൽ കരിയർ ഡവലപ്മെന്റിനുള്ള ദേശീയ ബയോ സയൻസ് അവാർഡ് (എൻ-ബയോസ് പ്രൈസ്) അദ്ദേഹത്തിന് ലഭിച്ചു. [5] കൗൺസിൽ ഓഫ് സയന്റിഫിക് ആൻഡ് ഇൻഡസ്ട്രിയൽ റിസർച്ച് അദ്ദേഹത്തിന് 2017 ലെ ഏറ്റവും ഉയർന്ന ഇന്ത്യൻ സയൻസ് അവാർഡുകളിലൊന്നായ ശാന്തി സ്വരൂപ് ഭട്നഗർ സമ്മാനം നൽകി.

പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങൾ

തിരുത്തുക
  • Johnson, Mary K; Kottur, Jithesh; Nair, Deepak T (18 November 2019). "A polar filter in DNA polymerases prevents ribonucleotide incorporation". Nucleic Acids Research. 47 (20): 10693–10705. doi:10.1093/nar/gkz792. PMID 31544946.
  • Ghodke, Pratibha P.; Bommisetti, Praneeth; Nair, Deepak T.; Pradeepkumar, P. I. (10 January 2019). "Synthesis of N2-Deoxyguanosine Modified DNAs and the Studies on Their Translesion Synthesis by the E. coli DNA Polymerase IV". The Journal of Organic Chemistry. 84 (4): 1734–1747. doi:10.1021/acs.joc.8b02082. PMID 30628447.
  • Shikhi, Meha; Nair, Deepak T.; Salunke, Dinakar M. (15 October 2018). "Structure-guided identification of function: role of Capsicum annuum vicilin during oxidative stress". Biochemical Journal. 475 (19): 3057–3071. doi:10.1042/BCJ20180520. PMID 30181145.
  • Kumar, Ashish; Gupta, Chitra; Nair, Deepak T.; Salunke, Dinakar M. (13 July 2018). "MP-4 contributes to snake venom neutralization by Mucuna pruriens seeds through an indirect antibody-mediated mechanism". Journal of Biological Chemistry. 293 (28): 11253. doi:10.1074/jbc.EC118.001735. PMID 30006388.
  • Sharma, Rahul; Nirwal, Shivlee; Narayanan, Naveen; Nair, Deepak T. (11 May 2018). "Dimerization through the RING-Finger Domain Attenuates Excision Activity of the piggyBac Transposase". Biochemistry. 57 (20): 2913–2922. doi:10.1021/acs.biochem.7b01191. PMID 29750515.
  • Kottur, Jithesh; Nair, Deepak T (6 July 2018). "Pyrophosphate hydrolysis is an intrinsic and critical step of the DNA synthesis reaction". Nucleic Acids Research. 46 (12): 5875–5885. doi:10.1093/nar/gky402. PMID 29850882.
  • Kumar, Ashish; Kaur, Harmeet; Jain, Abha; Nair, Deepak T.; Salunke, Dinakar M. (12 January 2018). "Docking, thermodynamics and molecular dynamics (MD) studies of a non-canonical protease inhibitor, MP-4, from Mucuna pruriens". Scientific Reports. 8 (1): 689. Bibcode:2018NatSR...8..689K. doi:10.1038/s41598-017-18733-9. PMID 29330385.
  • Nirwal, Shivlee; Kulkarni, Dhananjaya S; Sharma, Amit; Rao, Desirazu N; Nair, Deepak T (9 January 2018). "Mechanism of formation of a toroid around DNA by the mismatch sensor protein". Nucleic Acids Research. 46 (1): 256–266. doi:10.1093/nar/gkx1149. PMID 29182773.
  • Salunke, Dinakar M.; Nair, Deepak T. (August 2017). "Macromolecular structures: Quality assessment and biological interpretation". IUBMB Life. 69 (8): 563–571. doi:10.1002/iub.1640. PMID 28497559.
  • Kumar, Ashish; Gupta, Chitra; Nair, Deepak T.; Salunke, Dinakar M. (20 May 2016). "MP-4 Contributes to Snake Venom Neutralization by Mucuna pruriens Seeds through an Indirect Antibody-mediated Mechanism". Journal of Biological Chemistry. 291 (21): 11373–11384. doi:10.1074/jbc.M115.699173. PMID 26987900.
  • Kottur, Jithesh; Nair, Deepak T. (12 February 2016). "Reactive Oxygen Species Play an Important Role in the Bactericidal Activity of Quinolone Antibiotics". Angewandte Chemie International Edition. 55 (7): 2397–2400. doi:10.1002/anie.201509340. PMID 26757158.
  • Ghodke, Pratibha P.; Gore, Kiran R.; Harikrishna, S.; Samanta, Biswajit; Kottur, Jithesh; Nair, Deepak T.; Pradeepkumar, P. I. (4 January 2016). "The N2-Furfuryl-deoxyguanosine Adduct Does Not Alter the Structure of B-DNA". The Journal of Organic Chemistry. 81 (2): 502–511. doi:10.1021/acs.joc.5b02341. PMID 26650891.
  • Nair, Deepak T.; Kottur, Jithesh; Sharma, Rahul (July 2015). "A rescue act: Translesion DNA synthesis past N2‐deoxyguanosine adducts". IUBMB Life. 67 (7): 564–574. doi:10.1002/iub.1403. PMID 26173005.
  • Weinert T, Olieric V, Waltersperger S, Panepucci E, Chen L, Zhang H, Zhou D, Rose J, Ebihara A, Kuramitsu S, Li D, Howe N, Schnapp G, Pautsch A, Bargsten K, Prota AE, Surana P, Kottur J, Nair DT, Basilico F, Cecatiello V, Pasqualato S, Boland A, Weichenrieder O, Wang BC, Steinmetz MO, Caffrey M, Wang M. Fast native-SAD phasing for routine macromolecular structure determination. Nat Methods. 2015 Feb;12(2):131-3. doi: 10.1038/nmeth.3211. Epub 2014 Dec 15. Erratum in: Nat Methods. 2015 Jul;12(7):692. PubMed.
  • Kottur J, Sharma A, Gore KR, Narayanan N, Samanta B, Pradeepkumar PI, Nair DT. Unique structural features in DNA polymerase IV enable efficient bypass of the N2 adduct induced by the nitrofurazone antibiotic. Structure. 2015 Jan 6;23(1):56–67. doi: 10.1016/j.str.2014.10.019. Epub 2014 Dec 11. PubMed.
  • Surana P, Satchidanandam V, Nair DT. RNA-dependent RNA polymerase of Japanese encephalitis virus binds the initiator nucleotide GTP to form a mechanistically important pre-initiation state. Nucleic Acids Res. 2014 Feb;42(4):2758-73. doi: 10.1093/nar/gkt1106. Epub 2013 Nov 28. PubMed; PMC 3936712.
  • Sharma A, Kottur J, Narayanan N, Nair DT. A strategically located serine residue is critical for the mutator activity of DNA polymerase IV from Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 2013 May;41(9):5104-14. doi: 10.1093/nar/gkt146. Epub 2013 Mar 21. PubMed; PMC 3643571.
  • Jain D, Nair DT. Spacing between core recognition motifs determines relative orientation of AraR monomers on bipartite operators. Nucleic Acids Res. 2013 Jan 7;41(1):639-47. doi: 10.1093/nar/gks962. Epub 2012 Oct 29. PubMed; PMC 3592433.
  • Sharma A, Subramanian V, Nair DT. The PAD region in the mycobacterial DinB homologue MsPolIV exhibits positional heterogeneity. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2012 Aug;68(Pt 8):960-7. doi: 10.1107/S0907444912017623. Epub 2012 Jul 17. PubMed.
  • Sharma A, Nair DT. MsDpo4-a DinB Homolog from Mycobacterium smegmatis-Is an Error-Prone DNA Polymerase That Can Promote G:T and T:G Mismatches. J Nucleic Acids. 2012;2012:285481. doi: 10.1155/2012/285481. Epub 2012 Mar 15. PubMed; PMC 3317225.
  • Sharma A, Nair DT. Cloning, expression, purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of MsDpo4: a Y-family DNA polymerase from Mycobacterium smegmatis. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 2011 Jul 1;67(Pt 7):812-6. doi: 10.1107/S1744309111019063. Epub 2011 Jun 30. PubMed; PMC 3144803.
  • Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. DNA synthesis across an abasic lesion by yeast REV1 DNA polymerase. J Mol Biol. 2011 Feb 11;406(1):18–28. doi: 10.1016/j.jmb.2010.12.016. Epub 2010 Dec 15. PubMed; PMC 3127253.
  • Namadurai S, Jain D, Kulkarni DS, Tabib CR, Friedhoff P, Rao DN, Nair DT. The C-terminal domain of the MutL homolog from Neisseria gonorrhoeae forms an inverted homodimer. PLoS One. 2010 Oct 28;5(10):e13726. doi: 10.1371/journal.pone.0013726. PubMed; PMC 2965676.
  • Jain R, Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. Replication across template T/U by human DNA polymerase-iota. Structure. 2009 Jul 15;17(7):974-80. doi: 10.1016/j.str.2009.04.011. PubMed; PMC 3030472.
  • Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. DNA synthesis across an abasic lesion by human DNA polymerase iota. Structure. 2009 Apr 15;17(4):530-7. doi: 10.1016/j.str.2009.02.015. PubMed; PMC 2703454.
  • Gupta YK, Nair DT, Wharton RP, Aggarwal AK. Structures of human Pumilio with noncognate RNAs reveal molecular mechanisms for binding promiscuity. Structure. 2008 Apr;16(4):549-57. doi: 10.1016/j.str.2008.01.006. Epub 2008 Mar 6. PubMed.
  • Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. Protein-template-directed synthesis across an acrolein-derived DNA adduct by yeast Rev1 DNA polymerase. Structure. 2008 Feb;16(2):239-45. doi: 10.1016/j.str.2007.12.009. PubMed.
  • Lone S, Townson SA, Uljon SN, Johnson RE, Brahma A, Nair DT, Prakash S, Prakash L, Aggarwal AK. Human DNA polymerase kappa encircles DNA: implications for mismatch extension and lesion bypass. Mol Cell. 2007 Feb 23;25(4):601-14. PubMed.
  • Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. Hoogsteen base pair formation promotes synthesis opposite the 1,N6-ethenodeoxyadenosine lesion by human DNA polymerase iota. Nat Struct Mol Biol. 2006 Jul;13(7):619-25. Epub 2006 2 July PubMed.
  • Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. An incoming nucleotide imposes an anti to syn conformational change on the templating purine in the human DNA polymerase-iota active site. Structure. 2006 Apr;14(4):749-55. PubMed.
  • Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. Human DNA polymerase iota incorporates dCTP opposite template G via a G.C + Hoogsteen base pair. Structure. 2005 Oct;13(10):1569–77. PubMed.
  • Nair DT, Johnson RE, Prakash L, Prakash S, Aggarwal AK. Rev1 employs a novel mechanism of DNA synthesis using a protein template. Science. 2005 Sep 30;309(5744):2219-22. PubMed.
  • Nair DT, Johnson RE, Prakash S, Prakash L, Aggarwal AK. Replication by human DNA polymerase-iota occurs by Hoogsteen base-pairing. Nature. 2004 Jul 15;430(6997):377-80. PubMed.
  • Nair DT, Kaur KJ, Singh K, Mukherjee P, Rajagopal D, George A, Bal V, Rath S, Rao KV, Salunke DM. Mimicry of native peptide antigens by the corresponding retro-inverso analogs is dependent on their intrinsic structure and interaction propensities. J Immunol. 2003 Feb 1;170(3):1362–73. PubMed.
  • Nair DT, Singh K, Siddiqui Z, Nayak BP, Rao KV, Salunke DM. Epitope recognition by diverse antibodies suggests conformational convergence in an antibody response. J Immunol. 2002 Mar 1;168(5):2371-82. PubMed.
  • Jain D, Nair DT, Swaminathan GJ, Abraham EG, Nagaraju J, Salunke DM. Structure of the induced antibacterial protein from tasar silkworm, Antheraea mylitta. Implications to molecular evolution. J Biol Chem. 2001 Nov 2;276(44):41377-82. Epub 2001 Aug 24. PubMed.
  • Nayak SK, Bagga S, Gaur D, Nair DT, Salunke DM, Batra JK. Mechanism of specific target recognition and RNA hydrolysis by ribonucleolytic toxin restrictocin. Biochemistry. 2001 Aug 7;40(31):9115-24. PubMed.
  • Nair DT, Singh K, Sahu N, Rao KV, Salunke DM. Crystal structure of an antibody bound to an immunodominant peptide epitope: novel features in peptide-antibody recognition. J Immunol. 2000 Dec 15;165(12):6949-55. PubMed.

ഇതും കണുക

തിരുത്തുക

അവലംബം

തിരുത്തുക
  1. ↑ "View Bhatnagar Awardees". Shanti Swarup Bhatnagar Prize. 2017. Retrieved 11 November 2017.
  2. ↑ "Brief Profile of the Awardee". Shanti Swarup Bhatnagar Prize. 21 October 2017. Retrieved 21 October 2017.
  3. ↑ "Biographical Information – Deepak Nair". Regional Centre for Biotechnology. 9 November 2017. Archived from the original on 5 November 2017. Retrieved 9 November 2017.
  4. ↑ 4.0 4.1 "Profile on SERB" (PDF). Science and Engineering Research Board. 14 November 2017. Retrieved 14 November 2017.
  5. ↑ "N-BIOS Prize 2014" (PDF). Department of Biotechnology. 2014. Archived from the original (PDF) on 2021-05-11. Retrieved 14 November 2017.

പുറത്തേക്കുള്ള കണ്ണികൾ

തിരുത്തുക
"https://ml.wikipedia.org/w/index.php?title=ദീപക്_ടി._നായർ&oldid=4099946" എന്ന താളിൽനിന്ന് ശേഖരിച്ചത്