ഇക്കാലത്ത് ഖ്വിബിലായ് ഖാനെ അംഗീകരിച്ചിരുന്ന ഇറാനിലെ മറ്റൊരു മംഗോളിയൻ സാമ്രാജ്യമായിരുന്ന [[ഇൽഖാനി സാമ്രാജ്യം|ഇൽഖാനികളുമായി]] ചഗതായ്കൾ നിരന്തരം പോരടിച്ചുകൊണ്ടിരുന്നു.
ഇൽഖാനികളെ അപേക്ഷിച്ച് ചഗതായികള്ക്കിടയില് ഇസ്ലാമികവല്ക്കരണത്തിന്റെഇസ്ലാമികവല്ക്കരണം തോത്സാവധാനത്തിലായിരുന്നു താരതമ്യേനയായിരുന്നുനടന്നത്. 1326-34 കാലത്ത് തര്മഷിറിന് ഖാന്റെ ഭരണകാലത്ത്, ചഗതായികൾ ഇസ്ലാം മതം സ്വീകരിച്ചു എങ്കിലും ഇറാനിലെ ഇല് ഖാനിദുകളൊടുള്ള ശത്രുത അതൊപോലെ തുടര്ന്നിരുന്നു. പതിമൂന്നാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ അവസാനവും 14-ആം നൂറ്റാണ്ടീന്റെ തുടക്കത്തിലുമായി ട്രാന്സോക്ഷ്യാനയിലെ ചഗതായ് ഭരണാധികാരികള് അമു ദാര്യക്ക് തെക്കോട്ട് അവരുടെ നിയന്ത്രണം വ്യാപിപ്പിച്ചു. 1318 മുതല് 1326 വരെ ഭരണത്തിലിരുന്ന [[കെബെഗ് ഖാന്]] ആയിരുന്നു ഈ നടപടികള്ക്ക് നേതൃത്വം നല്കിയിരുന്നത്. ചെങ്കിസ് ഖാന്റെ കാലത്ത് തകര്ക്കപ്പെട്ട [[ബാള്ഖ്]], കെബെഗ് ഖാന് പുനര്നിര്മ്മിച്ചു. താമസിയാതെ [[ഖുണ്ടുസ്]], [[ബാഘ്ലാൻ]], [[ബദാഖ്ശാന്]], [[കാബൂള്]], [[ഗസ്നി]], [[കന്ദഹാര്]] എന്നീപ്രദേശങ്ങളടങ്ങുന്ന ഇന്നത്തെ അഫ്ഘാനിസ്താന്റെ ഭൂരിഭാഗവും ചഗതായികളുടെ നിയന്ത്രണത്തില് വന്നു. 1333-ല് കിഴക്കന് അഫ്ഘാനിസ്താനിലൂടെ സഞ്ചരിച്ച [ഇബ്ന് ബത്തൂത്ത]], ഇവിടത്തെ എല്ലാ പ്രദേശങ്ങളിലേയും ചഗതായ് ഭരണകര്ത്താക്കളുടെ സാന്നിധ്യം സൂചിപ്പിച്ചിട്ടുണ്ട്. എന്നാല് ഈ സമയത്തും, [[സിസ്താന്]] തദ്ദേശീയഭരണാധികാരികളാണ് നിയന്ത്രിച്ചിരുന്നത്<ref name=afghans13/>.