പുനലൂർ എന്ന പേര് വന്നത് പുനൽ , ഊര് എന്നീ തമിഴ്മലയാളം വാക്കുകളിൽ നിന്നാണ്. '''പുനൽ''' എന്നാൽ വെള്ളംപുഴ എന്നും''' ഊര്''' എന്നാൽ സ്ഥലം എന്നും അർത്ഥം. അതിനാൽ പുനലൂർ എന്നാൽ വെള്ളംപുഴ ഉള്ള സ്ഥലം എന്നർത്ഥം. കല്ലടയാറ് ഉള്ളതിനാലാകണം ഈ പേര് ലഭിച്ചത്.
തമിഴ്നാട്ടിൽ നിന്നും വരുമ്പോൾ വീണ്ടും കാണുന്ന ആൾപാർപ്പുള്ള സ്ഥലമായതു കൊണ്ടാണ് ( '''പുന''' എന്നാൽ വീണ്ടും, '''ഊരു''' എന്നാൽ ഗ്രാമം എന്നുമാണ്) പുനലൂർ എന്ന പേരുവന്നതെന്നാണ് മറ്റൊരു പക്ഷം. ജല നഗരം എന്നർത്ഥം വരുന്ന കൊല്ലത്തെ നഗരമാണ് പുനലൂർ. പശ്ചിമഘട്ടത്തിന്റെ മടിത്തട്ട് എന്നും അറിയപ്പെടുന്നു.
