കാനാമ്പുഴ ഒഴുകിയിരുന്ന കാനത്തൂർ ഗ്രാമമാണ് പിന്നീട് കണ്ണൂർ എന്ന പേരിൽ അറിയപ്പെട്ടതെന്നാണ്ഒരുഅറിയപ്പെട്ടതെന്നാണ് ഒരു അഭിപ്രായം. കണ്ണന്റെ ഊര് കണ്ണൂരായെന്നും വിശ്വസിക്കുന്നവരുണ്ട്.<ref>http://www.kerala.gov.in/district_handbook/Kannur.pdf</ref> ക്രിസ്തുവിന് ശേഷം രണ്ടാം നൂറ്റാണ്ടിൽ ജീവിച്ചിരുന്ന ഗ്രീക്ക് പണ്ഡിതനായ ടോളമി ഇന്ത്യയുടെ പടിഞ്ഞാറൻ തീര തുറമുഖങ്ങളെ പരാമർശിക്കവേ കനൗറ എന്ന് സൂചിപ്പിക്കപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട് . ക്രിസ്തുവിന് ശേഷം പതിനാലാം നൂറ്റാണ്ടിൽ മലബാർ സന്ദർശിച്ച ഫ്രിയർ ജോർഡാനസ് ആണ് കാനനൂർ എന്ന് ആദ്യം രേഖപ്പെടുത്തിയത്.