ഗണപതി, അയ്യപ്പൻ, ശിവൻ, ഭഗവതി, നാഗങ്ങൾ എന്നിവരാണ് ഉപപ്രതിഷ്ഠകൾ.
ശ്രീകോവിലിന്റെ തെക്കുഭാഗത്ത് തെക്കോട്ട് ദർശനമായി ഗണപതിയുടെ ഒരു രൂപം കൊത്തിവച്ചിട്ടുണ്ട്. വായുകോണിൽ ബലഭദ്രസ്വാമിയും ഈശാന കോണിൽ നാഗദേവതമാരും പ്രതിഷ്ഠയാണ്. തെക്ക് പടിഞ്ഞാറേതെക്കുപടിഞ്ഞാറേ മൂലയിൽ കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായി ശാസ്താവിനെ പ്രതിഷ്ഠിച്ചിരിക്കുന്നു. അതിനു സമീപം കിഴക്ക് ദർശനമായി യക്ഷിയേയും വടക്കു പടിഞ്ഞാറേവടക്കുപടിഞ്ഞാറേ മൂലയിൽ ശ്രീഭഗവതിയേയും പ്രതിഷ്ഠിച്ചിരിക്കുന്നു. ക്ഷേത്രത്തിൽറ്റെ വടക്കുവശത്തുള്ള കീഴ്‌തൃക്കോവിൽ ക്ഷേത്രനിരപ്പിൽ നിന്നും 18 അടി താഴെയാണ്. ബലരാമനും പരമശിവനും ഗണപതിയുമാണ് ഇവിടത്തെ പ്രതിഷ്ഠകൾ. പുരാതനമായ ബലരാമക്ഷേത്രം സ്വതന്ത്രക്ഷേത്രമായിരുന്നു എന്നും അതിനെ കേന്ദ്രീകരിച്ചാണ് ഇന്നത്തെ ക്ഷേത്ര സമുച്ചയം ഉയർന്നു വന്നത് എന്നും വിശ്വാസമുണ്ട്. വടക്കുകിഴക്കേ മൂലസ്ഥനത്ത് നാഗരാജാവിന്റേയും നാഗയക്ഷിയുടേയും പ്രതിഷ്ഠ കാണാം.
