1917 ൽ കോൺഗ്രസ്സിന്റെ സമ്മേളനം നടക്കുമ്പോൾ അതിന്റെ ആദ്യാവസാനക്കാരനായിആദ്യവസാനക്കാരനായി ശങ്കരനുണ്ടായിരുന്നു. ലോകമഹായുദ്ധത്തിൽ ബ്രിട്ടനെ ഇന്ത്യ സഹായിക്കണം എന്ന കോൺഗ്രസ്സ് പ്രമേയത്തെ ശക്തമായി എതിർത്തു. മൂന്നു വർഷം കഴിഞ്ഞ് മഞ്ചേരി സമ്മേളനമായപ്പോഴേക്കും ശങ്കരൻ അറിയപ്പെടുന്ന ഒരു കോൺഗ്രസ്സുകാരനായി മാറിയിരുന്നു. വടകര കേന്ദ്രമാക്കിയാണ് അദ്ദേഹം പ്രവർത്തിച്ചത്. നിയമലംഘനപ്രസ്ഥാനവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് ജയിലിലായി. ജയിൽ മോചിതനായപ്പോഴേക്കും കേരളത്തിൽ കോൺഗ്രസ്സ് സോഷ്യലിസ്റ്റ് പാർട്ടി രൂപീകരണപ്രവർത്തനങ്ങൾ നടക്കുകയായിരുന്നു. അതിൽ അംഗമാവാൻ വൈകിയില്ല. മലബാറിൽ കർഷകരെ സംഘടിപ്പിക്കുന്നതിൽ മുൻപന്തിയിലായിരുന്നു.<ref name=kcpap510>{{cite book|title=കേരളത്തിലെ കമ്മ്യൂണിസ്റ്റ് പ്രസ്ഥാനം ആദ്യപഥികർ|last=സി.|first=ഭാസ്കരൻ|publisher=ചിന്ത പബ്ലിഷേഴ്സ്|year=2010|isbn=81-262-0482-6|page=510|quote=മൊയാരത്ത് ശങ്കരൻ }}</ref> കമ്യൂണിസ്റ്റുകാരനായതോടെ അദ്ദേഹം കടുത്ത മർദനങ്ങൾക്കിരയായി. 1948 മെയ് 11ന് മൊയാരത്തെ ദേശരക്ഷാസമിതി എന്ന പേരിൽ പ്രവർത്തിച്ചിരുന്ന കോൺഗ്രസുകാർ പിടികൂടി തല്ലിച്ചതച്ചു. മൃതപ്രായനായ അദ്ദേഹത്തെ കണ്ണൂർ സെൻട്രൽ ജയിലിലടച്ചു. 1948 മെയ് 12നു കണ്ണൂർ സബ് ജയിലിൽ പോലീസ് മർദ്ദനത്തെ തുടർന്ന് മരണമടഞ്ഞു. ബന്ധുക്കൾക്ക് മൊയാരത്തിനെ അവസാനമായി കാണാനുള്ള അവകാശംപോലും നൽകിയില്ല. മൃതദേഹം ജയിൽവളപ്പിൽ എവിടെയോ മറവുചെയ്തു.<ref>{{cite news|last=കെ.എം. മോഹൻദാസ്|title=തലമുറകൾക്കുള്ള പാഠപുസ്തകം|accessdate=12 മെയ് 2013|newspaper=ദേശാഭിമാനി|date=26 ആഗസ്റ്റ് 2012}}</ref>
