[[കൊട്ടാരത്തിൽ ശങ്കുണ്ണി]]യുടെ [[ഐതിഹ്യമാല]]യിൽ പരാമർശിച്ചിട്ടുള്ളതാണ് ഈ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ഉദ്ഭവകഥ. അതിങ്ങനെ:
ആദ്യകാലത്ത് ക്ഷേത്രത്തിൽ [[ശിവൻ|ശിവന്റെ]] പ്രതിഷ്ഠ മാത്രമേ ഉണ്ടായിരുന്നുള്ളൂ. അങ്ങനെയിരിയ്ക്കേ ഒരിയ്ക്കൽ അന്നത്തെ [[തിരുവിതാംകൂർ മഹാരാജാവ്|തിരുവിതാംകൂർ മഹാരാജാവിനു]] കലശലായ വയറു വേദന പിടിപെട്ടു. വിവിധ വൈദ്യന്മാർ ചികിൽസിച്ചിട്ടും മാറിയില്ല. മഹാരാജാവ് തന്റെ സേവകനെ അഷ്ടവൈദ്യൻ പുലാമന്തോൾ മൂസ്സ്|പുലാമന്തോൾ മൂസ്സിന്റെ [[മന]]യിലേക്കു പറഞ്ഞയച്ചു. സേവകൻ വന്ന സമയത്ത് മനയിൽ [[ഉപനയനം]] കഴിയാത്ത ഒരു ബാലനും മാത്രമേ ഉണ്ടായിരുന്നുള്ളു. മാതാവിന്റെ നിർദ്ദേശപ്രകാരം കുടുംബ ക്ഷേത്രത്തിൽ 12 ദിവസം ഭജന കൂടിയ ശേഷമേ പോകാവൂ എന്ന് മഹാരാജാവിന്റെ സേവകനോട് പറഞ്ഞ ശേഷം ബാലൻ കുടുംബക്ഷേത്രത്തിൽ 12 ദിവസം ഭജന ഇരുന്നു. പന്ത്രണ്ടാം ദിവസം ഒരു [[സന്ന്യാസം|സന്യാസി]] രൂപത്തിൽ പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ട ശിവഭഗവാൻ, മൂന്നു ഗുളികകൾ ബാലന് നൽകി. ഈ ഗുളികകൾ കഴിച്ച മഹാരാജാവിന്റെ വയറുവേദന നിശ്ശേഷം മാറി. സന്തോഷവാനായ മഹാരാജാവ് നൽകിയ സമ്മാനങ്ങൾ സ്നേഹത്തോടെ നിരസിച്ച മൂസ്സിന്റെ ആവശ്യപ്രകാരം ക്ഷേത്രത്തിനോട് ചേർന്ന് ഒഴുകുന്ന തൂതപ്പുഴയിൽ ഉണ്ടായിരുന്ന ധന്വന്തരിയുടെ വിഗ്രഹം കണ്ടെടുത്തു [[ശിവൻ|ശിവന്റെ]] ശ്രീകോവിലിനടുത്ത് പുതിയ ശ്രീകോവിൽ പണിയിച്ച് പ്രതിഷ്ഠിച്ചു. കാലാന്തരത്തിൽ ഇരു മൂർത്തികൾക്കും തുല്യപ്രാധാന്യം ലഭിച്ചു.<ref>{{cite web|url=https://pedia.desibantu.com/pulamanthole-sree-rudra-dhanwanthari-temple/|title=Pulamanthole Sree Rudra Dhanwanthari Temple (പുലമാന്തോലെപുലാമന്തോൾ ശ്രീ രുദ്ര-ധന്വന്തരി കോവിൽ) Pulamanthole, Malappuram|date=2011-12-01|publisher=desibantu|language=ഇംഗ്ലീഷ്|accessdate=7 August 2018}}</ref>
