{{Cquote|അദ്ദേഹത്തിന്റെനാഗാര്‍ജ്ജുനന്റെ ചിന്തയുടെ ശക്തിയും തന്റേടവും അതിശയിപ്പിക്കുന്നതാണ്. മിക്കവാറും ആളുകള്‍ക്ക് ഞെട്ടലുണ്ടാക്കാന്‍ പോന്ന 'അപവാദപരമായ' നിഗമനങ്ങളിലെത്തിച്ചേരാനും അദ്ദേഹം മടിച്ചില്ല. നിശിതമായ യുക്തിയുമായി, തന്റെതന്നെ മുന്‍വിശ്വാസങ്ങളെ തള്ളിപ്പറയേണ്ടിവരുന്നിടം വരെ പോലും അദ്ദേഹം ഏതു വാദഗതിയേയും പിന്തുടര്‍ന്നു. ചിന്തക്ക് അതിനെതന്നെ അറിയാനോ അതിനുവെളിയില്‍ പോകാനോ മറ്റൊരു ചിന്തയെ അറിയാനോ ആവുകയില്ലെന്നായിരുന്നു ഒരു കണ്ടെത്തല്‍. പ്രപഞ്ചത്തില്‍ നിന്ന് വേറിട്ട് ദൈവമോ, ദൈവത്തില്‍ നിന്ന് വേറിട്ട് പ്രപഞ്ചമോ ഇല്ലെന്നും, ദൈവവും പ്രപഞ്ചവും ഒരുപോലെ പ്രത്യക്ഷങ്ങള്‍ (Appearances) മാത്രമാണെന്നത് മറ്റൊരു നിഗമനവും. അങ്ങനെ മുന്നോട്ടുപോയ അദ്ദേഹം ഒന്നും ബാക്കിയില്ലാത്ത അവസ്ഥയിലെത്തി: വസ്തുതയും അബദ്ധവും തമ്മിലുള്ള വ്യത്യാസത്തിനോ, എന്തിനെക്കുറിച്ചെങ്കിലുമുള്ള ശരിയായ ധാരണക്കോ സാധ്യത അവശേഷിച്ചില്ല. എന്തിനെയെങ്കിലും തെറ്റിദ്ധരിക്കുകപോലും സാധ്യമല്ലെന്നായി. ഇല്ലാത്തതിനെ തെറ്റിദ്ധരിക്കുന്നതെങ്ങനെ? ഒന്നും യഥാര്‍ഥമല്ല. പ്രപഞ്ചത്തിന് പ്രാതിഭാസികമായ (Phenomenal) അസ്ഥിത്വം മാത്രമാണുള്ളത്. ഗുണങ്ങളുടേയും പാരസ്പര്യങ്ങളുടേയും ഈ സം‌വിധാനത്തില്‍ നാം വിശ്വസിച്ചേക്കാമെങ്കിലും നമ്മുടെ വിശദീകരണത്തിന് വഴങ്ങാത്തതാണത്. അതേസമയം ഈ അനുഭവങ്ങള്‍ക്കെല്ലാം പിന്നില്‍ നമ്മുടെ ചിന്തക്ക് വഴങ്ങാത്ത ഒരു പരമയാഥാര്‍ഥ്യമുണ്ടെന്ന് നാഗാര്‍ജ്ജുനന്‍ സൂചിപ്പിച്ചു. ഈ യാഥാര്‍ഥ്യത്തെ ബുദ്ധമതചിന്ത [[ശൂന്യത]] എന്നു വിളിച്ചു. നമ്മുടെ സാധാരണസങ്കല്പത്തിലെ ശൂന്യതയിലും ഇല്ലായ്മയിലും നിന്ന് ഭിന്നമായ ഒന്നാണത്.}}
നാഗര്‍ജ്ജുനന്റെ ചിന്തയിലെ ഏറ്റവും പ്രധാനപ്പെട്ട സിദ്ധാന്തം ശൂന്യതയെന്ന ആശയമാണ്.
ഒരു രസതന്ത്രജ്ഞനെന്ന നിലയിലും അദ്ദേഹംനാഗാര്‍ജ്ജുനന്‍ പ്രസിദ്ധനാണ്എണ്ണപ്പെട്ട സംഭാവനകള്‍ നല്‍കി. രസം(Mercury) എന്ന മൂലകത്തെക്കുറിച്ചുള്ള രസരത്നാകരമടക്കം,<ref>Will Durant - Story of Civilization Part-1, Our Oriental Heritage (പുറം 529 "Nagarjuna Devoted an entire volume to Mercury.")</ref> രസതന്ത്രത്തെ വിഷയമാക്കി അദ്ദേഹം രണ്ടു ഗ്രന്ഥങ്ങള്‍ രചിച്ചിട്ടുണ്ട്. പല പുതിയ ധാതുക്കളുടെ കണ്ടെത്തലും ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ രസതന്ത്രത്തിലുള്ള സംഭാവനകളാണ്‌<ref name=bharatheeyatha4>{{cite book |last=സുകുമാര്‍ അഴീക്കോട് |first= |authorlink= സുകുമാര്‍ അഴീക്കോട്|coauthors= |title= ഭാരതീയത|year=1993 |publisher= [[ഡി.സി. ബുക്സ്]]|location= [[കോട്ടയം]], [[കേരളം]], [[ഇന്ത്യ]]|isbn= 81-7130-993-3 |pages= 82|chapter= 4-ശാസ്ത്രവും കലയുംlanguage=മലയാളം}}</ref>.
