1943 -ന്റെ ആദ്യകാലത്തു വോൺ വേർസ്ച്ചറിന്റെ പ്രോത്സാഹനാർത്ഥംപ്രോത്സാഹനത്തോടെ മെൻഗെളെ [[തടങ്കൽപ്പാളയം|തടങ്കൽപാളയ]]സേവനത്തിനു വേണ്ടി അപേക്ഷിച്ചു. മനുഷ്യരുടെ മുകളിൽ ജനിതകഗവേഷണം നടത്താനുള്ള സാധ്യതസാദ്ധ്യത മുന്നിൽക്കണ്ടാണ് മെൻഗെളെ ഇതിനുഇതിന്ന് അപേക്ഷിച്ചത്. അദ്ദേഹത്തിന്റെ അപേക്ഷ സ്വീകരിക്കുകയുംസ്വീകരിക്കപ്പെടുകയും [[ഓഷ്‌വിറ്റ്സ് തടങ്കൽപ്പാളയം|ഓഷ്‌വിറ്റ്സ് തടങ്കൽപാളയത്തിൽ]] നിയമിതനാവുകയും ചെയ്തു. ഓഷ്‌വിറ്റ്സിലെ മുഖ്യമെഡിക്കൽ ഓഫീസർ ആയിരുന്ന [[എഡ്‌വേഡ്‌ വിർത്സ്]], ബിർക്കനവ് ക്യാമ്പിലെ മുഖ്യ മെഡിക്കൽ ഓഫീസർ ആയി മെൻഗെളെയെ നിയമിച്ചു. 1941 -ന്റെ അവസാനത്തോട് കൂടി ഹിറ്റ്ലർഹിറ്റ്ല ർ യൂറോപ്പിലെ യഹൂദന്മാരെയൊക്കെ കൊന്നൊടുക്കാൻ തിരുമാനിച്ചു. തുടർന്നു വീട്ടടിമകൾക്കുഅടിമപ്പണിക്കരെ വേണ്ടിതാമസിപ്പിക്കാൻവേണ്ടി നിർമിച്ച ബേർക്കനവ് ക്യാമ്പ് ഇതിനായി പുനർനിർമ്മിച്ചുപുനർനിർദ്ദേശിക്കപ്പെട്ടു. ജർമ്മൻ നിയന്ത്രിത യൂറോപ്പിൽ നിന്നാകമാനം യഹൂദന്മാരെ ദിനംപ്രതി റയിൽവേ വഴി മാറ്റിക്കൊണ്ടിരുന്നു ഇങ്ങോട്ടേക്ക് എത്തിച്ചുകൊണ്ടിരുന്നു. 1942 ജൂലൈയോടുകൂടി [[SS|എസ് എസ്]] കൊണ്ടുകൊണ്ടുവരുന്ന വരുന്ന യഹൂദന്മാരെയഹൂദന്മാരിൽ വേർതിരിച്ചു ജോലി ചെയ്യാൻ സാധിക്കുന്നവരെ ക്യാമ്പിലേക്ക് കടത്തിവിടുകയും അതിനു സാധിക്കാത്തവരെ ഗ്യാസ് ചേംബറുകളിട്ടു കൊല്ലുകയുംകൊല്ലാനും ചെയ്തുതുടങ്ങി. കുട്ടികളുംഗർഭിണികളുംകൊല്ലാൻ വയസ്സരുംവേണ്ടി അടങ്ങുന്നതിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടവരിൽ, ക്യാമ്പിലേക്ക് കൊണ്ടു വരുന്നവരിൽ ഏതാണ്ട് മുക്കാൽ ഭാഗത്തോളം വരുന്നവന്നിരുന്ന അവരിൽ, കൊല്ലാൻവേണ്ടികുട്ടികളും ഗർഭിണികളും മുലയൂട്ടുന്ന അമ്മമാരും വൃദ്ധരും, വളരെ ലഘുവും ഉപരിപ്ലവവുമായ പരിശോധനകളിൽത്തന്നെ ആരോഗ്യമില്ലാത്തവർ എന്ന് വിധിക്കപ്പെട്ടവരുമായിരുന്നു ഭൂരിഭാഗവും. തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടഇവരെ ഒരു മെഡിക്കൽ ഓഫീസർ നോക്കിഇവരെ പരിശോധിച്ച് ശാരീരികസ്വാസ്ഥ്യം ഇല്ലായെന്ന് ഉറപ്പു വരുത്തേണ്ടതുണ്ടായിരുന്നു. ഇവരുടെ കൂട്ടത്തിലൊരാളായിരുന്ന മെൻഗളെ ഈ ജോലി തന്റെതാൻ ജോലിയുടെചെയ്യേണ്ടതല്ലാത്ത ഭാഗമല്ലാതിരുന്നിട്ടുസമയത്തുപോലും കൂടിഏറെ മെൻഗെളെതാല്പര്യത്തോടെ ഏറ്റെടുത്തുഏറ്റെടുത്ത് നടത്തിയിരുന്നു. തന്റെ പരീക്ഷണങ്ങൾക്കായി ഇരട്ടകളെ കണ്ടെത്തുന്നതിലായിരുന്നു മെൻഗെളെയുടെ താല്പര്യം. ഈ ജോലി വളരെ ഭീതിജനകവും ഭാരിച്ചതുമായി കണ്ട ഡോക്ടർമാരിൽ നിന്നു വ്യത്യസ്തനായി മെൻഗെളെ വളരെ താല്പര്യത്തോടുകൂടെ, പലപ്പോഴും ചിരിച്ചുകൊണ്ടോ വിസിൽ അടിച്ചുകൊണ്ടോചൂളമടിച്ചുകൊണ്ടോ, ഈ ജോലി ചെയ്തുചെയ്തുപോന്നു. മെൻഗെളെയോ മറ്റു എസ് എസ് ഡോക്ടർമാരോ അന്തേവാസികളെ ചികിൽസിച്ചിരുന്നില്ല, മറിച്ച് ക്യാമ്പിലെ മറ്റുഡോക്ടർമാരുടെ മേൽനോട്ടമാണ് വഹിച്ചിരുന്നത്അവ്ർക്കുണ്ടായിരുന്നത്. മെൻഗെളെആഴ്ചയിലൊരിക്കൽസന്ദർശിക്കുകയുംആഴ്ചതോറും ആശുപത്രി സന്ദർശിച്ചിരുന്ന മെൻഗളെ രണ്ടാഴ്‍ചയിൽ കൂടുതൽ കിടന്നിട്ടുംകിടത്തി ഭേദമാകാത്തവരെചികിത്സിച്ചിട്ടും രോഗം ഭേദമാകാത്ത എല്ലവരേയും ഗ്യാസ് ചേമ്പറുകളിലേക്കു അയക്കുകയുംഅയക്കുകയായിരുന്നു ചെയ്തിരുന്നുപതിവ്. ബിർക്കാനാവിലെ ഗ്യാസ് ചേംബറുകളിൽ ആളുകളെ കൊല്ലാൻ ഉപയോഗിച്ചിരുന്ന [[zyklon b|സൈക്ളോൺ ബി]] എന്ന പേരിൽ അറിയപ്പെട്ടിരുന്ന സയനൈഡ്-കീടനാശിനിയുടെ മേൽനോട്ടചുമതല മെൻഗെളെ ഉൾപ്പെടുന്ന ഒരു ഡോക്ടർ സംഘത്തിനായിരുന്നു. ക്രെമറ്റോറിയ IV, V എന്നിവിടങ്ങളിലെ ചേംബറുകളിൽചേംബറുകളിലായിരുന്നു ഇതിന്റെ ശേഷി പരീക്ഷിച്ചിരുന്നുപരീക്ഷിച്ചിരുന്നത്.
[[File:Child survivors of Auschwitz.jpeg|thumb|മെൻഗെളെയുടെ ക്രൂരപരീക്ഷണങ്ങൾക്കായി ജീവനോടെ നിർത്തപ്പെട്ട ജൂതന്മാരായ ഇരട്ടക്കുട്ടികൾ. ഇവരെ 1945 ജനുവരിയിൽ ഓഷ്‌വിറ്റ്സിൽ നിന്നും ചെമ്പട മോചിപ്പിച്ചു]].
1943 -ൽ റൊമാനി ക്യാമ്പിൽ [[noma|നോമ]] (മുഖത്തെയും വായയെയും ബാധിക്കുന്ന ഒരു ബാക്റ്റീരിയൽ രോഗം) പൊട്ടിപുറപ്പെട്ടപ്പോൾപൊട്ടിപ്പുറപ്പെട്ടപ്പോൾ മെൻഗെളെ അതേപ്പറ്റി പഠിക്കാനും അതിനെതിരായി ഒരു മരുന്ന് വികസിപ്പിച്ചെടുക്കാനും തുടക്കമിട്ടു. ഒരു യഹൂദിഡോക്ടറും [[Prague University|പ്രാഗ് സർവകലാശാലയിലെ]] പ്രൊഫസറും ആയിരുന്ന ഡോ.[[Berthold Epstein|ബെർത്തോൾഡ് എപ്‌സ്റ്റെയ്ൻഎപ്‌സ്റ്റെയ്നെ]] മെൻഗെളെയുടെമെൻഗെളെ സഹായത്തിനായി കൂട്ടി. രോഗികളെ വേറെ ബാരക്കിലേക്കു മാറ്റിപ്പാർപ്പിക്കുകയും രോഗം ബാധിച്ച കുട്ടികളെ കൊല്ലുകയും അവരുടെ അവയവങ്ങൾ ഗ്രാസിലെ എസ് എസ് മെഡിക്കൽ അക്കാദമിക്കും മറ്റു പല സ്ഥാപനങ്ങൾക്കും പഠിക്കാനായി അയച്ചു കൊടുക്കുകയും ചെയ്ചെയ്തിരുന്നു. റൊമാനിയയിലെ ക്യാമ്പ് പിരിച്ചു വിടുകയും അവിടത്തെ ബാക്കി അന്തേവാസികളെ കൊല്ലുകയും ചെയ്യുമ്പോഴും അവിടെ ഗവേഷണം നടന്നുകൊണ്ടിരിക്കുകയായിരുന്നു.
സ്ത്രീകളുടെ ക്യാമ്പിലുണ്ടായ ഒരു [[typhus|ടൈഫസ്]] പകർച്ചവ്യാധിയെ തുടർന്നു മെൻഗെളെ ഒരു കെട്ടിടത്തിൽ ഉണ്ടായിരുന്ന 600 -ഓളം വരുന്ന യഹൂദസ്ത്രീകളെ ഗ്യാസ് ചേമ്പറുകളിലേക്കു അയച്ചു. തുടർന്നു കെട്ടിട്ടം വൃത്തിയാക്കി അണുനശീകരണം നടത്തിയതിനു ശേഷം തൊട്ടടുത്ത കെട്ടിടത്തിലെ അന്തേവാസികളെ കുളിപ്പിച്ചു വൃത്തിയാക്കി പുതിയ വസ്ത്രങ്ങൾ കൊടുത്ത് വൃത്തിയാക്കിയ കെട്ടിടത്തിലേക്ക് മാറ്റിപാർപ്പിച്ചു. എല്ലാ കെട്ടിടങ്ങളും വൃത്തിയാക്കുന്നതുവരേക്കും ഈ പ്രവൃത്തി ആവർത്തിച്ചു. ചുവപ്പുപനി തുടങ്ങിയ പകർച്ചവ്യാധികളുടെ സമയത്തും ഇതു തന്നെയാണ് ചെയ്തത്. എങ്കിലുംരോഗികളായവരെയൊക്കെ എല്ലാഗാസ് രോഗികളെയുംചേംബറുകളിലേക്കയച്ചുകൊണ്ടാണ് അയച്ചിരുന്നത്എല്ലായ്പ്പോഴും ഗ്യാസ്ശുദ്ധീകരണം ചേംബറുകളിലേക്കായിരുന്നുസാധിച്ചിരുന്നത്. അയാളുടെപരിശ്രമങ്ങൾക്ക്അകാലത്ത് മെൻഗെളെക്കു [[War Merit Cross|വാർ മെറിറ്റ് ക്രോസ്സ്]] നൽകുകയും 1944 -ൽ അദ്ദേഹത്തെ ബിർക്കനവ് ക്യാമ്പിന്റെ പ്രഥമ വൈദ്യനാക്കിപ്രഥമവൈദ്യനാക്കി മാറ്റുകയുംഉയർത്തുകയും ചെയ്തു.
