AD 638ൽ [[ഖലീഫ]] [[ഉമർ|ന്റെ]] കാലത്താണ് ഖുദ്സ് മുസ്ലിങ്ങളുടെ അധീനതയിൽ വരുന്നത്. [[ഖാലിദ് ബിൻ വലീദ്]]ന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ മുന്നേറിയ മുസ്‌ലിം സൈന്യത്തെ നേരിടാനാവാതെ ബൈസാന്റിയം സേന പിൻവാങ്ങിയപ്പോൾ മുസ്‌ലിം സൈന്യം ഖുദ്സിനു സമീപം എത്തി. ഖുദ്സിലെ ക്രിസ്ത്യൻ പാതിരി, ഖലീഫ ഉമർ(rറ) നേരിട്ടു വന്നാൽ അധികാരം ഏൽപ്പിച്ചു കൊടുക്കാം എന്ന് പ്രഖ്യാപിക്കുകയും അത് പ്രകാരം ഉമർ(rറ) മദീനയിൽ നിന്ന് എത്തി ഖുദ്സിന്റെ അധികാരം സ്വീകരിക്കയും ആണ് ചെയ്തത്. കുതിര ലായമായി മാറ്റപ്പെട്ടിരുന്ന [[മസ്ജിദുൽ അഖ്സ]] അദ്ദേഹം പുനരുദ്ധരിച്ചു. പിന്നീട് ഉമയ്യദ്, അബ്ബാസി ഖലീഫമാരുടെ കീഴിലായി. ഒന്നാം കുരിശു യുദ്ധത്തിൽ യൂറോപ്പിൽ നിന്നുള്ള കുരിശു സൈന്യം ഖുദ്സ് പിടിച്ചെടുക്കുകയും ''കിംഗ്‌ഡാം ഓഫ് ജെറുസലേം'' എന്ന പേരിൽ ഒരു ക്രിസ്ത്യൻ രാജ്യം സ്ഥാപിക്കുകയും ചെയ്തു. ഒരു നൂറ്റാണ്ടിനു ശേഷം മുസ്‌ലിങ്ങൾ ആധിപത്യം തിരിച്ചെടുക്കുകയും ചെയ്തു. പിന്നീട് നൂറ്റാണ്ടുകളോളം മുസ്‌ലിം ആധിപത്യത്തിലായിരുന്നു ഖുദ്സ്.
