മുറജപം നടക്കുന്ന അവസരത്തിൽ തിരുവനന്തപുരത്തേയ്ക്ക് യാത്ര ചെയ്യുമ്പോൾ വിശ്രമാർത്ഥം ഇവിടെയെത്തിയ വില്വമംഗലത്ത് സ്വാമിയാണ് ഇവിടെ പ്രതിഷ്ഠനടത്തിയതെന്നാണ് വിശ്വാസം. അരൂരിന്റെ ദേശപരദേവതയാണ് ശ്രീ കാർത്യായനികാർത്ത്യായനി ദേവി എന്നാണ് സങ്കല്പം. കണ്ണ്‌കുളങ്ങരകണ്ണങ്കുളങ്ങര കൈമൾ അരൂരിൽ ഇപ്പോൾ ക്ഷേത്രം സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന ഭാഗത്ത് കാണുന്ന കാഞ്ഞിരത്തിൽ ഇരിക്കുന്ന ദേവിയെ കാണാൻ ഇടയായി,. ദേവി അദ്ദേഹത്തോട് കുടിക്കാൻ എന്തെങ്കിലും ആവശ്യപ്പെട്ടു. തന്നോട് ഈ അവശ്യം ഉന്നയിച്ചത് ശ്രീ കാർത്യായനികാർത്ത്യായനി ദേവി തന്നെ എന്ന് മനസിലാക്കിയ അദ്ദേഹം താൻ തിരിച്ച് വരുംതിരിച്ചുവരും വരെ ഇവിടെത്തന്നെ ഇരുന്നുകൊള്ളാമെന്ന് ദേവിയെകൊണ്ട് സത്യം ചെയ്യിച്ചശേഷം അദ്ദേഹം പോയി ആത്മഹത്യ ചെയ്യുകയുണ്ടായിചെയ്തു. അദ്ദേഹത്തോടുള്ള സത്യം പാലിക്കാൻ ദേവിചൈതന്യം ഇവിടെത്തന്നെ നിലനിന്നു. അങ്ങനെയാണ് ഇവിടെ ഈ ക്ഷേത്രം ഉടലെടുക്കാൻ കാരണം എന്ന് ഒരു ഐതിഹ്യം ഉണ്ട്. അദ്ദേഹത്തിന്റെ അറിവ് കൊണ്ട് ഇവിടെ നമുക്ക്ദേവീപ്രതിഷ്ഠയുണ്ടായി. ദേവിമാത്രവുമല്ല പ്രതിഷ്ഠകൈമളിനെ ഉണ്ടായിഇന്ന് മാത്രമല്ലക്ഷേത്രത്തിൽ അദ്ദേഹത്തെഅറുകൊല പിൽകാലത്ത്എന്ന അറുകുല ആയി ഇവിടെപേരിൽ പ്രതിഷ്ഠിച്ചിട്ടുള്ളത്പ്രതിഷ്ഠിച്ചിരിയ്ക്കുന്നു. ഇവിടുത്തെ ദേവിക്ക് ഏറ്റവും പ്രിയ വഴിപാട് ആണ് ഇടത്തുവലത്തു കൂട്ടുപയസവും നെയ്‌ പായസവും.
