പ്രശസ്തിയുടെ കൊടുമുടിയിൽ നിൽക്കുന്ന സമയത്ത് 2009 ഡിസംബർ 30-നായിരുന്നു വിഷ്ണുവർധന്റെ അന്ത്യം. 60 വയസ്സായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്. മൈസൂരിലേയ്ക്ക് ഒരു പരിപാടിയിൽ പങ്കെടുക്കാൻ പോയ വിഷ്ണുവർധൻ അവിടെവച്ച് ഹൃദയാഘാതത്തെത്തുടർന്ന് അന്തരിച്ചു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ മരണം കർണാടകത്തിൽ വ്യാപകമായ പ്രക്ഷോഭങ്ങൾക്കിടയാക്കി. നിരവധി ആരാധകർ ആത്മഹത്യ ചെയ്യുകയും മറ്റുചിലർ ഹൃദയാഘാതം വന്ന് മരിയ്ക്കുകയും ചെയ്തു.{{തെളിവ്}} ശവസംസ്കാരച്ചടങ്ങിനിടയിലുണ്ടായ അക്രമങ്ങൾ തടയാൻ പോലീസ് പണിപെട്ടു. ഒടുവിൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെ സുഹൃത്തും മറ്റൊരു പ്രമുഖ കന്നഡ നടനുമായ [[അംബരീഷ്]] ഇറങ്ങിത്തിരിച്ചു. മൃതശരീരം ബാംഗ്ലൂരിൽ പൂർണ ഔദ്യോഗിക ബഹുമതികളോടെത്തന്നെ സംസ്കരിച്ചു.
അദ്ദേഹത്തിന്റെ മരണം കർണാടകത്തിൽ വ്യാപകമായ പ്രക്ഷോഭങ്ങൾക്കിടയാക്കി. നിരവധി ആരാധകർ ആത്മഹത്യ ചെയ്യുകയും മറ്റുചിലർ ഹൃദയാഘാതം വന്ന് മരിയ്ക്കുകയും ചെയ്തു. ശവസംസ്കാരച്ചടങ്ങിനിടയിലുണ്ടായ അക്രമങ്ങൾ തടയാൻ പോലീസ് പണിപെട്ടു. ഒടുവിൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെ സുഹൃത്തും മറ്റൊരു പ്രമുഖ കന്നഡ നടനുമായ [[അംബരീഷ്]] ഇറങ്ങിത്തിരിച്ചു.
മൃതശരീരം ബാംഗ്ലൂരിൽ പൂർണ ഔദ്യോഗിക ബഹുമതികളോടെത്തന്നെ സംസ്കരിച്ചു.
