19471547-ൽ വീണ്ടും [[മലാക്കാ|മലാക്കായിലെത്തിയ]] സേവ്യർ അവിടെ [[ജപ്പാൻ|ജപ്പാൻകാരനായ]] ഹാൻ-സിർ എന്നയാളുമായി പരിചയപ്പെട്ടു. ജപ്പാനെക്കുറിച്ച് കേട്ടറിഞ്ഞ അദ്ദേഹം അവിടെ സുവിശേഷസന്ദേശം എത്തിക്കാൻ ആഗ്രഹിച്ചു. എങ്കിലും [[ഗോവ|ഗോവയിലെ]] അപ്പോഴത്തെ സ്ഥിതിയിൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെ സാന്നിദ്ധ്യം ആവശ്യമായിരുന്നതിനാൽ അദ്ദേഹം തൽക്കാലം അവിടേക്കു മടങ്ങി. ജപ്പാൻകാരനായ ഹാൻ-സിറിനേയും അദ്ദേഹം ഗോവയിലേക്കു കൂടെ കൊണ്ടു പോയിരുന്നു. അവിടെ അയാൾ പാബ്ലോ ഡി സാന്താ ഫെ എന്ന പേരിൽ [[ക്രിസ്തുമതം]] സ്വീകരിച്ചിരുന്നു. 19491549-ൽ സേവ്യർ [[ജപ്പാൻ|ജപ്പാനിലേക്കു]] തിരിച്ചു. ഹാൻ-സിറും മൂന്നു സഹസന്യാസിമാരും അദ്ദേഹത്തിനൊപ്പമുണ്ടായിരുന്നു. കപ്പലിൽ സേവ്യർ ജപ്പാനീസ് ഭാഷ പഠിക്കാൻ ശ്രമിച്ചു. ജപ്പാനിൽ ആദ്യം കപ്പലടുത്ത തുറമുഖങ്ങളിലെ അധികാരികൾ അവർക്കു പ്രവേശനം അനുവദിച്ചില്ല. ഒടുവിൽ 1549 ആഗ്സ്റ്റ് മാസം അവർ കഗോഷിമാ തുറമുഖത്ത് കപ്പലിറങ്ങി. അവിടെ സേവ്യറും അനുചരന്മാരും തെരുവീഥികളിൽ സുവിശേഷം പ്രസംഗിച്ചു. ജനങ്ങൾ അവരെ ഉപചാരപൂർവം ശ്രവിച്ചു. എങ്കിലും ഭാഷാജ്ഞാനത്തിന്റെ പരിമിതി തടസ്സമായി. പലപ്പോഴും വേദപാഠത്തിന്റെ വായന മാത്രമായി പ്രഭാഷണം. രണ്ടു വർഷത്തെ പ്രവർത്തനത്തിനു ശേഷം അദ്ദേഹം 1552 ജനുവരി മാസത്തിൽ മലാക്ക വഴി ഗോവയിൽ മടങ്ങിയെത്തി.
