ഇന്നുകാണുന്ന ക്ഷേത്രം 14ആം നൂറ്റാണ്ടിൽ നേപ്പാൾ രാജാവായിരുന്ന ഭൂപേന്ദ്ര മല്ല പുനഃർനിർമ്മിച്ചതാണ്പുനർനിർമ്മിച്ചതാണ്. ഇതിനുമുമ്പ്മുൻപുണ്ടായിരുന്ന ക്ഷേത്രത്തിന്റെ പല ഭാഗങ്ങളും [[ചിതൽ]] തിന്ന് നശിച്ചുപോയിരുന്നു. പശുപതിനാഥക്ഷേത്രത്തിനു ചുറ്റുമായ്ചുറ്റും അനവധി ക്ഷേത്രങ്ങളും പിൽകാലത്ത്പിൽക്കാലത്ത് നിർമിക്കപ്പെട്ടു. ദക്ഷിണഭാരതത്തിലെ കർണ്ണാടകത്തിൽ നിന്നുള്ള ഭട്ട ബ്രാഹ്മണരാണ് ഈ ക്ഷേത്രത്തിലെ പൂജകളും കർമ്മങ്ങളും നിർവഹിക്കുന്നത്. ആദിശങ്കരനാണ് ഇങ്ങനെ ഒരു സമ്പ്രദായം കൊണ്ടുവന്നത് എന്നു കരുതപ്പെടുന്നു.
